22 października 1946 roku władze komunistyczne aresztowały płk Franciszka Niepokólczyckiego, od 1945 r. prezes Zarządu Głównego Zrzeszenia Wolność i Niezawisłość; w czasie II wojny światowej oficer ZWZ-AK; od 1943 r. zastępca komendanta Kierownictwa Dywersji KG AK. Po 10 miesiącach przygotowań rozpoczął się proces - typowy stalinowski proces pokazowy, szczegółowo wyreżyserowany przez aparat partyjny, Urząd Bezpieczeństwa i prokuraturę. W krakowskiej rozprawie sądzono również współpracowników Niepokólczyckiego oraz Stanisława Mierzwę, zastępcę sekretarza naczelnego komitetu wykonawczego PSL, który rok wcześniej sądzony był w Moskwie w procesie 16 przywódców Polskiego Państwa Podziemnego. Proces miał służyć skompromitowaniu ludzi stojących na czele ostatnich niezależnych organizacji - działającego oficjalnie PSL i podziemnego Zrzeszenia WiN. Płk Jan Niepokólczycki oświadczył przed sądem jedynie: "Nie wysługiwałem się obcym. Jako żołnierz spełniłem rozkaz". 10 września 1947 roku zapadł wyrok. Sąd skazał osiem osób na karę śmierci, osiem na długoletnie więzienie, a jedną osobę uniewinnił. Ostatecznie Franciszkowi Niepokólczyckiemu karę śmierci zamieniono na dożywocie. Z więzienia wyszedł w 1956 roku.
Urodził się 27 października 1900 roku w Żytomierzu. Pochodził z rodziny rzemieślniczej. Od 1911 r. uczył się w progimnazjum rosyjskim w rodzinnym mieście, od 1917 r. w domu, a od 1918 r. w Gimnazjum Polskiej Macierzy Szkolnej im. Tadeusza Czackiego. Świadectwo dojrzałości otrzymał jako ekstern w 1919 r. w rosyjskim III Gimnazjum w Żytomierzu.
Pod koniec I wojny światowej wstąpił do Polskiej Organizacji Wojskowej, ale aby go przyjęto, sfałszował datę urodzenia, udając, że ma już osiemnaście lat. W POW ukończył szkołę wywiadu. Szybko awansował, a w wieku kilkunastu lat został komendantem Okręgu POW w Żytomierzu. Zasłynął ucieczką z bolszewickiego aresztu w 1919 r. Równolegle z zaangażowaniem w walkę o niepodległość eksternistycznie zdał maturę w rosyjskim gimnazjum w Żytomierzu. Wkrótce został skierowany do pracy w Oddziale II Sztabu Generalnego, czyli polskim wywiadzie wojskowym. Działał na swoim rodzinnym terenie. Sukcesywnie awansował: przeszedł przez Sztab Generalny, 5. Pułk Piechoty Legionów, 10. Pułk Saperów, 3. Pułk Saperów, 3. batalion saperów, a także Centrum Wyszkolenia Saperów w Modlinie oraz sztab Generała do Prac przy Głównym Inspektoracie Sił Zbrojnych.
We wrześniu 1939 r. w stopniu majora dowodził 60. batalionem saperów Armii „Modlin”, a w połowie września został oddany do dyspozycji gen. Juliusza Rómmla dowodzącego Armią „Warszawa”. 27 września Niepokólczycki włączył się w budowę konspiracyjnych struktur wojskowych. Po kapitulacji Warszawy dobrowolnie udał się do niemieckiej niewoli, skąd powrócił do Warszawy w połowie października. Mianowano go oficerem dywersji i sabotażu w Oddziale III Sztabu Służby Zwycięstwu Polski (przekształconej w Związek Walki Zbrojnej), równocześnie organizował Wydział Saperów.
Od 1940 r. tworzył Związek Odwetu, od 1942 r. był szefem Wydziału Saperów Komendy Głównej ZWZ (przekształconego później w Armię Krajową), a ponadto był organizatorem Biura Studiów Środków Walki Sabotażowo-Dywersyjnej, Biura Badań Technicznych oraz współtwórcą Kedywu – w styczniu 1943 r. mianowano go zastępcą płk. Augusta Fieldorfa „Nila”. W 1942 r. awansował na podpułkownika, a dwa lata później – na pułkownika. Brał także udział w Powstaniu Warszawskim – był dowódcą saperów oraz szefem produkcji uzbrojenia i materiałów wybuchowych. Po kapitulacji znalazł się w niemieckiej niewoli.
W kwietniu 1945 r. rozpoczął służbę w Delegaturze Sił Zbrojnych na Kraj – był zastępcą płk. Antoniego Sanojcy „Kortuma”, komendanta Obszaru Południowego DSZ. Po utworzeniu Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej opowiadał się za dalszą działalnością konspiracyjną. Był jednym z oficerów, którzy we wrześniu 1945 r. powołali Zrzeszenie „Wolność i Niezawisłość”. Początkowo pełnił dalej funkcję zastępcy Sanojcy, wówczas prezesa Obszaru Południowego WiN. Jednak już w listopadzie 1945 r., po aresztowaniu Sanojcy i prezesa I Zarządu Głównego WiN płk. Jana Rzepeckiego, zajął miejsce tego pierwszego. Wobec dekonspiracji i aresztowania najbliższych współpracowników Rzepeckiego to Niepokólczycki stanął na czele II Zarządu Głównego WiN. Kierował pracami Zrzeszenia do aresztowania w październiku 1946 r.
W czasie śledztwa prowadzonego najpierw w Warszawie, a później w Krakowie nie obciążał swoich podwładnych, lecz podkreślał, że wszelkie działania wykonywali oni z jego rozkazu i to on ponosi za nie odpowiedzialność.
Proces rozpoczął się w sierpniu 1947 r. Wyrok został ogłoszony we wrześniu. Niepokólczycki i siedmiu jego współpracowników za działalność niepodległościową zostali skazani na karę śmierci. Chociaż odmówił wystosowania prośby o łaskę, jemu i czterem innym skazanym Bolesław Bierut złagodził orzeczoną karę. Niepokólczyckiemu karę śmierci zamieniono natomiast na dożywotnie więzienie. Był więziony we Wronkach i w Szczecinie, jednak odmawiał pisania próśb o łaskę, zakazał również tego swej żonie Annie. Został zwolniony z komunistycznego więzienia na fali politycznej „odwilży” w grudniu 1956 r. Z więzienia wyszedł schorowany, a przez kilka lat musiał poruszać się o lasce.
Po wyjściu z więzienia został objęty inwigilacją przez SB, a prowadzonej przeciwko niemu sprawie nadano kryptonim „Wino”. Otoczono go agenturą, a także obserwowano i dokumentowano fotograficznie jego działania, przeglądano korespondencję, podsłuchiwano rozmowy telefoniczne, próbowano wpływać na jego działania.
Niepokólczycki współpracował z prymasem kard. Stefanem Wyszyńskim, a z czasem organizował samodzielnie dopływ środków finansowych z Zachodu dla żołnierzy AK. Zmarł 11 czerwca 1974 r. Został pochowany na cmentarzu w Brwinowie. 15 VIII 2008 r. odznaczony pośmiertnie przez prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego Orderem Orła Białego.
Wszelkie materiały zamieszczone w niniejszym Portalu chronione są przepisami ustawy z dnia 4 lutego 1994 r. o prawie autorskim i prawach pokrewnych oraz ustawy z dnia 27 lipca 2001 r. o ochronie baz danych. Materiały te mogą być wykorzystywane wyłącznie na postawie stosownych umów licencyjnych. Jakiekolwiek ich wykorzystywanie przez użytkowników Portalu, poza przewidzianymi przez przepisy prawa wyjątkami, w szczególności dozwolonym użytkiem osobistym, bez ważnej umowy licencyjnej jest zabronione.
